De kleine modderkruiper is één van de drie soorten modderkruipers die in ons land voorkomen. De kleine modderkruiper is een visje met een langgerekt cilindervormig lichaam. Rondom zijn bek heeft de modderkruiper zes korte tastdraden. Deze worden gebruikt om voedsel te vinden op de bodem. De kleine modderkruiper heeft een donker en regelmatig vlekkenpatroon op zijn lichaam, net als een tijger. Onder zijn oog heeft het visje een uitklapbare stekel, deze wordt gebruikt ter verdediging. Modderkruipers kunnen niet goed blijven drijven en leven daardoor hun hele leven bijna op de bodem, in de modder. Het visje heeft een lengte van 8 tot 10 cm.
De paaiperiode loopt van april tot juli. Voordat het vrouwtje haar eitjes afzet, draait het mannetje zijn lichaam strak om het vrouwtje heen. Het vrouwtje zwemt vervolgens door, waardoor het mannetje van haar afglijdt en er als het ware voor zorgt dat de eitjes uit het lichaam worden gedrukt. Het vrouwtje zet vervolgens haar kleverige eitjes af op waterplanten en zand. Het aantal ligt ongeveer rond de 300 eitjes.
In Nederland is de kleine modderkuiper een algemeen voorkomende soort. Het diertje leeft in ondiepe wateren waarvan de bodem bedekt is met zand of slib en waar veel planten in groeien. Het dieet van het dier bestaat uit zoöplankton, kleine waterbeestjes, algen en dood organisch materiaal.