Kleine watereppe is een waterplant die behoort tot de emergente waterplanten. Dat betekent dat de plant met de bladeren boven het water uitsteken. Kleine watereppe heeft heel veel kleine, witte bloemetjes die in de vorm van een scherm bij elkaar staan. De deelblaadjes staan vaak in 6 paren langs de stengel met op de top nog een deelblaadje. De bladeren blijven ook in de winter groen.