De kleine roodoogjuffer lijkt heel erg op de grote roodoogjuffer (Erythromma najas) en om het nog wat moeilijker te maken, komen ze ook nog eens vaak op dezelfde plekken voor. De grote roodoogjuffer is vaak wat eerder te zien (juni) dan de kleine roodoogjuffer (juli). De kleine roodoogjuffer is natuurlijk wat kleiner dan zijn grote neef, 2,5 tot 3 cm, maar als ze niet naast elkaar vliegen, is dat verschil moeilijk te zien. Bij de mannetjes valt wel op dat het blauw aan de punt van het achterlijf wat verder doorloopt dan bij de grote roodoogjuffer.
De larven van de kleine roodoogjuffer leven meestal één maar soms twee jaar onder water. De huidjes van deze soort kun je vinden van half juni tot begin september, maar de meeste larven sluipen tussen half juli en half augustus uit. De huidjes zijn 2 cm of iets kleiner. Je vindt ze altijd dicht in de buurt van het wateroppervlak, meestal op drijvende waterplanten, maar soms op stengels van planten die boven het water uitsteken.